「寶可夢傳說阿爾宙斯」主線劇情圖文摘要
「 這裡跨越了時間與空間，是屬於我的宇宙。
我就是你們人類口中的阿爾宙斯。」
主角（可選擇的主角為男：明曜/女：小照，後以小照稱）從時空裂縫中掉了下來，來到了一個未知的土地上，撞見了祝慶村的拉苯博士，拉苯博士在研究寶可夢，人們對於寶可夢的世界並不了解甚至畏懼著，因此希望可以完成洗翠地區的寶可夢圖鑑。
而小照似乎和寶可夢有某種聯繫，在拉苯研究室的三隻寶可夢主動逃出實驗室到小照身邊，小照也有個神秘的「阿爾宙斯手機」要小照「去與所有的寶可夢相遇」，同時又有著非凡的寶可夢捕捉能力。因此，拉苯想幫助小照進村並參加「銀河隊」的調查組，協助博士完成圖鑑，而銀河隊也能提供衣食給小照。
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| 去與所有的寶可夢相遇吧。 |
在通過了銀河隊調查組組長星月所給予的入隊測驗後，小照正式成為銀河隊隊員，而被指派的第一個任務，是來自於金剛隊場長阿米的委託，在黑曜原野的角鹿高崗上，有頭目級的棘手寶可夢在搗亂（相對於一般的寶可夢，頭目十分巨大），希望可以壓制他。
在和阿米的聊天過程中得知，人們認為「神奧大尊」操控了「時間」，創造了宇宙，而金剛隊是一群尊崇神奧大尊而定居在洗翠地區的人。如今神奧大尊隱身了，而與神奧大尊有淵源的寶可夢依然存在，而照顧這些寶可夢的人正是「場長」，其中，角鹿高崗是對有神奧大尊淵源的寶可夢獻上貢品的地方，卻有頭目級「音箱蟀」在搗亂。
在處理掉頭目後，與神奧大尊有淵源的「詭角鹿」出現在小照面前，似乎十分中意小照。
回到銀河隊總部，金剛隊的隊長剛石與珍珠隊的隊長珠貝正在鬥嘴，從吵架中得知，雖然金剛隊與珍珠隊都尊崇神奧大尊，但珍珠隊認為神奧大尊操控了「空間」，因此兩個隊之間都指稱對方為假。但眼下的問題是珍珠隊的森林王「劈斧螳螂」似乎受到影響變得狂暴，可能是源自於神秘的時空裂縫落下的雷電，而珍珠隊自己卻似乎無法控制。第三方的銀河隊隊長馬加木指派小照與拉苯博士商討如何解決這問題，後來他們想到把劈斧螳螂喜歡吃的食物放在球中丟給他以抑制他的狂暴，這個發明稱之為「鎮寶」，鎮寶由珍珠隊的隊長珠貝與場長「菊伊」準備。
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| 珍珠隊準備了「鎮寶」們，內餡是滾滾豆。 |
同一時間，金剛隊的隊長剛石與阿米決定交予小照「神闔之笛」，只要吹奏這個笛子，就能夠騎乘詭角鹿四處遊歷洗翠地區。
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| 與神奧大尊有淵源的「詭角鹿」。 |
小照到了巨木戰場，利用珍珠隊所準備的鎮寶與劈斧螳螂一戰，成功安撫了他。
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| 森林王「劈斧螳螂」。 |
回到祝慶村後，遇到了金剛隊的場長火夏，她轉告消息給馬加木月月熊似乎也在暴動，但牠沒有被雷電擊中，不知為何會變成這樣；而月月熊的場長是珍珠隊的夕蒲，似乎為人頑固不願他人插手，因此馬加木希望小照前往紅蓮濕地調查。進入該地的「隨意遺跡」，發現夕蒲正在裡頭，夕蒲開門見山直接說明了不希望外人插手，爾後跟來銀杏商會的望羅指出，隨意遺跡中的一塊石板被人盜走了，夕蒲想奪回但對年紀大的她而言太折騰，也許可以幫他一把，根據望羅的情報，石板可能是被野賊三姐妹幹的，他們偶爾也會襲擊銀杏商會，曾在濕地基地附近看到火堆，也許是她們。
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| 夕蒲99歲了。 |
小照找到火堆後，野賊三姐妹不請自來，在打贏之後她們索性還回了石板，小照回到了隨意遺跡交給夕蒲，夕蒲讀了完整石板的文字，內容是「所有生命都會與其他生命相遇，然後創造新的生命」，領悟到也許指示她要懂得互相幫忙，方才告知若要安撫月月熊，應該要去泥炭台地。
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| 壞人的開場白總是很尷尬。 |
到了泥炭台地後，夕蒲利用神闔之笛召喚了月月熊，在小照的壓制下，夕蒲利用「除毒丸」清掉其身上的毒；但對照狂暴的劈斧螳螂，月月熊的身體並沒有發出不可思議的光芒，而且身上還沾染了粉末。
在小照回去總部向馬加木報告時，剛石報告說金剛隊的山道女王裙兒小姐正在狂暴大鬧，而且火夏並沒有回報給剛石，偏偏此時在祝慶村找不到火夏的身影。如果珍珠隊的月月熊大鬧與金剛隊的火夏有什麼關聯的話，恐會導致紛爭。於是，小照被指派利用剛獲得的月月熊循著氣味找到火夏，並鎮撫裙兒小姐。
小照在紅蓮濕地找到了扭到腳的火夏，得知月月熊的狂暴是因為靠近了狂暴的裙兒小姐，所以沾染了粉末。而火夏從銀河隊學到了鎮寶的技巧，收集了裙兒小姐喜歡的食物來做成鎮寶想要自己解決，結果被寶可夢追受了傷。剛石決定把火夏做出的鎮寶移到裙兒小姐的王場，夕蒲會把火夏帶到該地，由小照出發準備去鎮撫。
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| 終於找到火夏，但她扭到腳了。 |
小照在鎮撫裙兒小姐後，向馬加木回報，馬加木認為要在洗翠地區生活，有些情況下我們得和寶可夢戰鬥，這是為了創造毫無鬥爭的新天地。爾後馬加木帶小照到初始沙灘，看見有更多的人來到這的地方生活，歸功於銀河隊的寶可夢調查，使人們安心行動的範圍變大。另一方面他也強調，身為隊長需要保護祝慶村的大家，必要時需要果斷做出處置的。
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| 被小照鎮撫後的裙兒小姐。 |
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| 馬加木隊長為了保護村子，必要時會果斷處置。 |
下一個任務位在群青海岸，該地區過去是有王的但意外失去了生命，據悉曾有人在該區的吹火島上受到幽靈襲擊，因此派小照過去調查。實際上該處還是有個珍珠隊的場長，名字是瓜娜，但卻沒有可以照顧的王；珠貝另一方面希望小照能協助瓜娜鍛煉她帶在身邊的王的子嗣，以獲得珍珠隊隊員的認同。遇到瓜娜時知曉上一代的王「卡蒂狗」為了救一個被大浪吞噬的孩子而葬身大海，其孩子因為目睹父親的死留下很深的傷口，瓜娜不願意勉強鍛鍊他，至於珍珠隊的閒言閒語她並不在乎。另一方面，要去吹火島的話需要金剛隊阿芒的協助，會需要利用坐騎寶可夢「幽尾玄魚」渡海。
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| 瓜娜考量寶可夢過去的傷痛不願意勉強鍛鍊。 |
在去阿芒家的路上再次遇到了望羅，他說到小照收集石版的方式，讓他想到古代的英雄帶著十隻寶可夢對抗神奧大尊的故事，也許收集到所有的石板就可以解開謎題了。
找到了阿芒後，得知需要製作幽尾玄魚喜歡的食物，該食物需要徬徨夜靈的惡之波動來烹調。小照在捕捉了該寶可夢後成功準備了幽尾玄魚喜歡的食物，並在海灘處獲得牠的認同。同一時間，瓜娜也帶著她的卡蒂狗觀看幽尾玄魚；原來當初的海難中，瓜娜被阿芒和幽尾玄魚救了一命，所以瓜娜對阿芒傾慕著，礙於閒言閒語都是私下碰面。
此刻，野賊三姐妹突然出現抓走了凱蒂狗，並嚷著要回到吹火島。瓜娜希望小照能幫忙搶回凱蒂狗。阿芒也會過去幫忙。
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| 餵食幽尾玄魚以獲得認同。 |
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| 野賊三姐妹抓走卡蒂狗。 |
到了吹火島後擊敗了野賊三姐妹後，瓜娜與她的卡蒂狗突然追來，意外的是卡蒂狗是游泳過來，即便牠對吞沒牠父親的大海應該十分畏懼，突然間卡蒂狗進化風速狗，天空中產生了裂縫落下了雷電打在牠身上，一樣變成了狂暴的狀態。此時趕過來的珠貝提議做鎮寶，材料是阿芒隨身攜帶著卡蒂狗愛吃的食物，而小照一如往常的鎮撫了風速狗，而這座島嶼也終於再次有了王。
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| 鎮撫後的風速狗。 |
小照回到銀河隊很快接到了另一個新任務，是鎮撫狂暴的洞窟王頑皮雷彈，場長是金剛隊的木春，地點位在離時空裂縫最近的天冠山麓。而珍珠隊的北尚會協助小照獲取「大狃拉」來攀爬陡峭的山壁，才能到達目的地。過程中木春百般阻撓，他覺得發光的頑皮雷彈是神奧大尊給予寶可夢王的「訓練」，我們覺得發光的寶可夢痛苦是以我們自己的角度思考，然而隊長剛石並不認為是那樣，所以還是希望木春協助製作鎮寶，小照也如預期的鎮撫了頑皮雷彈。
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| 洞窟王頑皮雷彈。 |
馬加木指派的下一個任務是鎮撫最後一個王：雪原王「冰岩怪」，會比已經鎮撫的四個王來得更加艱困，然而拉苯博士對於這次的任務抱持遲疑的態度，因為相較於其他四個王，冰岩怪因為距離人類生活的範圍太遠並沒有造成危害，有必要前去鎮撫嗎？事實上，牠們是否真的覺得痛苦，狂暴與時空裂縫的關係也都還不明朗。
冰岩怪的場長是珍珠隊的阿濱師傅，他說明利用冰岩怪喜歡的永恆之冰或許可以鎮撫，而那些冰林立在純白凍土上，需要借助金剛隊的山葵照顧的勇士雄鷹，小照解開了雪峰神殿的秘密後到達頂樓後，山葵正式交給小照勇士雄鷹，並飛去取得永恆之冰。
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| 小照需要取得勇士雄鷹的認可。 |
另一方面，金剛隊的剛石在想，這是神奧大尊在發怒，還是在測試人類？理論上，如果鎮撫了冰岩怪後，裂縫就沒理由還開著；也許跟著小照，就能看到神奧大尊。
小照再次鎮撫了冰岩怪，也回去向馬加木回報。不過，裂縫並沒有關閉，反而在當天夜晚加劇，裂縫溢出了巨大的能量，天空被染成了不祥的紫紅色。馬加木仔細回想整個歷程：從裂縫開始打了不可思議的雷，所有王開始狂暴，似乎都從小照的出現開始的；而小照鎮撫五個王的行為，只是為了取得大家的信任，也許一切都是從時空裂縫掉下來的人引起的；因此，馬加木決定把小照趕出祝慶村。組長星月陪同小照出村，但交代注意安全不要橫屍荒野，會想辦法協助小照的。
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| 鎮撫後的冰岩怪。 |
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| 馬加木堅決放逐小照。 |
被放逐的小照試圖尋找珍珠隊或金剛隊的幫忙，但兩隊都怕與銀河隊產生嫌隙所以不願意收留。隻身遊蕩在外頭的小照後來被望羅找到，得知有一個隱居人士的家，雖然簡陋但生活能暫時有所著落。
隱居人士的名字是吾思，祖先留給她一個使命要轉告像小照這樣的「時空迷失者」：宇宙是由空間（宇）與時間（宙）交織而成，並非如珍珠隊獲金剛隊那樣只選擇其中一方，據說時空裂縫是通往多個時空的洞，而時空迷失者的使命就是完成三個寶可夢試煉，將牠們授與試煉者的東西拿到雲霧遺跡去，便可以獲得紅色鎖鏈，這樣就能連結世界。
（接下來選擇和珠貝或剛石一同活動，這影響到看到的寶可夢順序，以下為選擇珠貝的結果）
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| 隱居人士：吾思。 |
阿爾宙斯手機後來顯示了三個試煉的座標，分別是心齊湖、睿智湖、與立志湖。守護心齊湖的寶可夢是「艾姆立多」，傳說因為艾姆立多四處飛行讓人們誕生了活著的喜悅與悲傷；守護睿智湖的寶可夢是「克希」，傳說因為克希四處飛行讓人們誕生了解決問題的智慧；守護立志湖的寶可夢是「亞克諾姆」，傳說因為亞克諾姆四處飛行讓人們誕生了採取行動所需的意志。
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| 艾姆立多的考驗。 |
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| 克希的考驗。 |
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| 亞克諾姆的考驗。 |
紅色鎖鏈是體現心靈的寶可夢道具，要是沒有了心靈，即便世界終結也不需要在意，正是因為有了心靈，時間和空間才被認知，所以紅色鎖鏈是正確「觀看」世界的道具。
小照在通過了三個考驗後，將得到的三個道具拿到雲霧遺跡，三個湖泊寶可夢現身給予了紅色鎖鏈。同一時間，馬加木率領銀河隊到天冠山親自調查裂縫，因為看到了在裂縫另一側像是有寶可夢的影子。小照趕去了天冠山頂，卻被馬加木的心腹「石月」攔下來，在打贏她之後得知，原來石月和馬加木的故鄉都曾經被瘋狂大鬧的寶可夢燒毀，許多同胞因此喪命，也因此馬加木才會嘗試在洗翠地區建立安心生活的新天地。最後打贏了馬加木，讓他心服小照守護家園的能力在他之上並道歉。
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| 接下來的局面由較強的一方來解決。 |
到了天冠山頂的神奧神殿後，珠貝可以聽到神奧大尊在對她說話：「用紅色鎖鏈來捉著我」，很快的，從裂縫中出現了寶可夢「怕路奇亞」，小照順利的收服了怕路奇亞，珠貝接下來聽到：「時空紊亂，力量的平衡已經崩壞」，裂縫處一陣混亂，又出現了另一隻寶可夢，大家只好先趕緊退到山頂基地。
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| 收服怕路奇亞後裂縫出現了另一個厲害的寶可夢。 |
一行人平靜了下來後，珠貝告訴大家帕路奇亞已經告訴她解決的方法：需要宇宙起源之石（起源礦石）、紅色鎖鏈、與人手製作的容器，將三者合而為一來平定混亂的時間。其中，剛石有拿著紅色鎖鏈的碎片，而人手製作的容器應該是指精靈球，至於宇宙之石的話，根據小照從數個王獲得的石板訊息「宇宙誕生之石，碎片化為石板」，應當是要尋找材質和石板相似的石頭，時常研究礦石的菊伊推測，那種石頭的位置應該在太古洞穴。
太古洞穴裡有紅色的礦石，正當菊伊要挖掘時出現野賊三姐妹出來搶奪，而野賊三姐妹因為大姐被小照打敗而撤退，挖掘得以進行。將拿到的紅色石頭、紅色鎖鏈碎片交給拉苯博士後製作出了「起源球」，是獨一無二的精靈球，可以捕捉在神奧神殿大鬧的寶可夢。現在小照所擁有的是掌管空間的帕路奇亞，需要收服掌管時間的帝牙盧卡，才能讓空間和時間達到均衡，世界才能以正確的樣貌存在。
小照也準備前往天冠山準備展開一場激戰。
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| 太古洞穴的紅礦石挖掘受到野賊三姐妹的干擾。 |
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| 小照拿到起源球。 |
最後小照成功的利用起源球收服帝牙盧卡，天冠山上的時空裂縫終於消失，天空再次恢復成美麗的藍色，在祝慶村的慶典歡樂中落幕。
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| 小照丟出起源球要收服帝牙盧卡。 |
全然之神的碎片。勇者與寶可夢心靈相通，找出了碎片之所在，全然之神。也就是宇宙的創造神，其名為：阿爾宙斯。
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| 古老的寶可夢文字。 |
「宇宙誕生之前，唯有其獨自呼吸。」
「其」正是指阿爾宙斯，如果要和阿爾宙斯相遇，勢必要收集全部的石板，小照因此踏上了尋找石板之旅。根據吾思的說法，古代神奧人將阿爾宙斯視為創造洗翠地區的寶可夢，創造洗翠地區的寶可夢並尊崇著，並認為牠將碎片交給了劈斧螳螂和詭角鹿的祖先們。
之後馬加木與小照相約初始海灘，交付了當初和石月一行人到達初始海灘時撿到的拳頭石板，明白似乎這一切都受到了神奧大尊的引導，也許這個片大地不該稱作洗翠地區，而是神奧地區。後來陸續在雪峰神殿與雷吉奇卡斯交手中獲得了淨空石板，在迎月戰場（洞窟王頑皮雷彈王場）與克雷色利亞交手拿到新月石板，在吹火島火山口與席多藍恩交戰拿到了鋼鐵石板，從吾思拿到了妖精石板。
接下來到了神闔寺院遺址調查，在那裡有帝牙盧卡和帕路奇亞的雕像，還有個放在比較偏遠而且無人修復的雕像，據說這個古舊的雕像原本是和帝牙盧卡與帕路奇亞等地位，卻被放逐的「騎拉帝納」寶可夢，原因是性格粗暴盤算著反抗阿爾宙斯，假設騎拉帝納要挑戰阿爾宙斯的話，他應該會在離天空最近，也就是時空裂縫出現的地方，小照和望羅於是前往神奧神殿。
到了神奧神殿卻沒見到騎拉帝納，望羅突然表明了他確信阿爾宙斯的存在，因此利用了騎拉帝納開啟了時空裂縫，必照著壁畫上的內容讓小照去收集神的碎片，一共有18片，目前小照有17片，因為最後一片握在望羅手上，望羅想要透過阿爾宙斯重新創造一個更棒的世界，於是望羅與小照交手，要求小照交出手上所有碎片。
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| 望羅想要重新創造世界。 |
在戰勝望羅後，傳說的騎拉帝納出現，但最終還是敵不過小照的攻勢而逃跑。望羅口中喃喃自語道為了讓時間與空間之神失控，他製造了打開時空裂縫的契機，為何繼承古代神奧人血脈的他終究無法與阿爾宙斯相遇。最後，望羅交給了小照最後一片石板，小照手上的神闔之笛變化成了天界之笛，望羅了解到阿爾宙斯願意與小照見面憤而離開。
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| 騎拉帝納。 |
阿爾宙斯會說去與所有的寶可夢相遇吧。當遇到所有的寶可夢後，再次來到神奧神殿，並吹起了天界之笛，光之階梯會顯現，往上走後被稱為神的寶可夢阿爾宙斯終於出現，在戰勝了阿爾宙斯後，阿爾宙斯說道：
「 召喚你到這個世界來，真是太好了。
今後的妳，以及你所生活的宇宙，都將在我的祝福之中。」
相信之後，洗翠地區的人們可以與寶可夢和平共處吧。
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| 阿爾宙斯。 |
